棉花枯萎病菌在不同環境條件、營養條件以及寄主植株的影響等外界生態因素作用下，也由于病菌本身的遺傳和變異，其致病力不斷發生變化，在長期演變過程中，可以逐步形成一些比較穩定的類型，即生理型或生理小種，因其毒力不同，對不同的棉花品種致病力也不一樣。中國農科院植保所1982―1984年采用國際統一鑒別寄主，對我國15個主要產棉省的17個枯萎病菌菌系進行了鑒定，結果表明，我國存在3號、7號、8號3個生理小種。7號小種主要分布于沿海到內陸等主要棉區;8號小種主要分布于湖北江漢棉區等。7號和8號小種為我國首次報道。
棉花枯萎病菌是一種�；暂^強的病菌，除侵害棉花外，還侵害秋葵和決明。據西北農學院試驗，甘薯、大豆、豌豆、紅麻、向日葵、煙草、番茄、辣椒、黃瓜等作物，也能被枯萎病菌侵染，并可傳播病害。只有小麥、玉米不受侵染所以，小麥、玉米與棉花倒茬是防治枯萎病的有效措施。又據李長興研究，蒼耳也是枯萎病的寄主，能表現出典型的枯萎病癥狀。
棉花枯萎病的侵染和為害，受氣候條件、棉花生育階段和栽培管理等多種因素影響：
(1)氣候條件棉花苗期土溫達到20oC，染病棉株開始表現癥狀，25～30oC，進入發病高峰，30oC以上病情受抑制。因此，黃河流域5月下旬至6月中旬為發病高峰。土壤濕度大使地溫降低，發病較重。
(2)棉花生育階段據試驗，棉花無論哪個時期播種，都是蕾期發病最重。
(3)栽培管理無病土營養缽育苗移栽有利于減少苗期病害;前期中耕可以提高地溫，促進根系發育，可減輕病害;棉田大水漫灌，增加土壤濕度，降低地溫，利于發病;單施氮肥發病較重，氮、磷、鉀混施有利于減輕病害;連作病害重，輪作病害輕，但不能杜絕菌源;據研究，棉田許多雜草是枯萎病的不顯癥寄主，雖不顯癥狀，但帶有病菌，是傳病的中間介體，所以雜草多的棉田易發病;施用芽前除草劑不當，根系受損傷，病害重;噴施縮節胺和腐殖酸等生長調節劑有減輕病害的作用。
棉花枯黃萎病被稱為棉花的癌癥，目前，在大田尚無十分有效的防治措施和藥劑。因此，要立足于用綜合措施進行預防(包括選用抗病品種)，調動一切手段，營造一個不適合病菌侵染為害而利于棉株健壯生長的環境條件。大量的事例說明：只要棉花從苗期根壯棵壯，病害就輕。所以凡是有利于促根壯棵的措施，也都是防病減病的措施。
當前，多數棉田有兩大因素對預防枯萎病極為不利：一是連年不進行棉田耕翻，二是不施用有機肥和不能平衡施肥。造成棉田耕層過淺，病菌大量聚集在土壤10～15厘米處，根系不能下扎，土壤結構變劣，有機質和鉀素嚴重缺乏。這就為枯萎病發生埋下隱患。一旦氣候條件適合，必然會造成枯萎病爆發。
今春多數地區的氣候條件適合棉花枯萎病的發生發展，苗期病株5種類型均己發現。但在有些會員組長的棉田，進行了20厘米以上的秋耕，秋耕前施入了氮、磷、鉀化肥和有機肥，這樣就給壯苗創造了極為有利的條件，棉苗出土后就根壯棵壯，發病明顯輕，或基本上沒發病。在噴營養類藥劑預防病害的棉田，如已有病苗，應加大藥劑濃度，用克黃枯200倍液或魚蛋白50倍液對病苗進行灌根處理。
